A Firenze il giovane Assagioli viene subito in contatto con i più importanti intellettuali dell’epoca: Giovanni Papini e Giuseppe Prezzolini, con i quali inizia a collaborare nel 1907 scrivendo sulla rivista «Leonardo», diretta da Papini.

Del 1909 è lo storico articolo “La psicologia delle idee-forze e la psicagogia”, da lui stesso indicato, a distanza di molti anni, come punto di partenza della psicosintesi e come contributo iniziale allo sviluppo della psicologia umanistica.

Laureatosi in medicina nel 1910 a Firenze, con una tesi sulla psicanalisi preparata in gran parte presso l’Ospedale Psichiatrico Burghölzli a Zurigo (a quest’epoca data l’incontro con Jung) e conseguita la specializzazione in psichiatria, si dedicò all’esercizio della professione e agli studi di psicologia e di filosofia. 
Nel 1911 fondò la rivista “Psiche”, che svolse la sua attività fino al 1915.

Le scoperte freudiane lo trovarono studioso attento e partecipe; seguì con interesse “il rigoglioso prosperare della scuola psicoanalitica” ed indicò, insieme alla “straordinaria importanza pratica delle ricerche di Freud” anche i “punti deboli delle sue teorie”.

Nel 1911, con la relazione “ll subcosciente” presentata al Congresso Internazionale di Filosofia di Bologna, sottolineò i differenti livelli e la varia natura delle attività psichiche inconsce, e affermò la distinzione tra i fenomeni riconducibili all’esistenza di un “io trascendente, che costituisca l’essenza della nostra personalità” e quelli che “spesso manifestano proprietà palesemente inferiori a quelle della coscienza ordinaria”, distinzione che prelude alla concezione psicosintetica del supercosciente e dell’inconscio inferiore.